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ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C : traitement, analyse et visualisation de données

Descriptif

Durée de la formation

Durée 32 heures
En centre 32 heures

Session

du 31 mai 2021 au 04 juin 2021  - Montpellier (34)
du 31 mai 2021 au 04 juin 2021  - Montpellier (34)
Pour connaître les dates des prochaines sessions, veuillez contacter l'organisme de formation

Objectif de la formation

- Savoir planifier une expérience simple de type ChIP
- seq ou RNA
- seq
- Savoir évaluer la qualité des données obtenues dans le cadre de la régulation des gènes (ChIP
- seq) et de l'analyse du transcriptome (RNA
- seq)- Maîtriser les principales méthodes et outils d'analyse des données ChIP
- seq et RNA
- seq
- Savoir les visualiser dans un navigateur de génome et en extraire les coordonnées des pics enrichis
- Savoir manipuler et annoter les fichiers d'enrichissement (bedtools)- Maîtriser les principales méthodes d'analyse des données Hi
- C et de génération des cartes de contact chromosomique

Description de la formation

1[sup]er[/sup] jour : pre
- processing des données ChIP
- seq et RNA
- seq
- Initiation aux commandes sous Linux (3 h)- Notions de base du ChIP
- seq, RNA
- seq et Hi
- C et de leurs pipelines d'analyse, principe de normalisation avec spike
- in
- Prétraitement des données (qualité des données brutes, alignements, artefacts de séquençage)- Exploration des données alignées (estimation de la taille des fragments, qualité de l'alignement)2[sup]ème[/sup] et 3[sup]ème[/sup] jours : analyse RNA
- seq
- Quantification de l'expression des gènes dans les données RNA
- seq à travers le RPKM
- Principe de normalisation utilisant des spike
- in
- Analyse de l'expression différentielle des gènes et des exons3[sup]ème[/sup] et 4[sup]ème[/sup] jours : analyse ChIP
- seq
- Génération des fichiers d'enrichissement (.wig) avec le package R
- PASHA
- Visualisation des fichiers .wig et initiation à la sélection de régions enrichies, aux paramètres de détection (MACS2 ou directement sur genome browser)- Initiation à la mise en place de métaprofils autour des régions d'intérêt (gène, TSS, TES, enhancers)- Analyse d'enrichissement d'annotations fonctionnelles ("gene ontology")- Recherche de motifs dans les régions enrichies4[sup]ème[/sup] et 5[sup]ème[/sup] jours : analyse Hi
- C
- Contrôles qualité, alignement et filtration des séquences Hi
- C
- Génération d'une carte de contact chromosomique
- Visualisation et interprétation de la matrice d'interaction
- Identification des sous compartiments nucléaires
- Identification de domaine toplogique (TADs) et de boucles (loops)- Présentation de quelques bases de données et d'outils de visualisation de Hi
- C
- Discussion (3 h) sur les problématiques des participants et sur les pistes de solutions à y apporter

Conditions d'accès

Une connaissance des lignes de commande sous Linux peut être utile mais non nécessaire. Un rappel des fondamentaux sera proposé.

Validation

Evaluation de la formation par les stagiaires

Donne accès au(x) métier(s) suivant(s)

Direction de laboratoire d'analyse industrielle (voir la fiche métier)

Intervention technique en laboratoire d'analyse industrielle (voir la fiche métier)

Biologie medicale (voir la fiche métier)

Recherche en sciences de l'univers, de la matiere et du vivant (voir la fiche métier)

Et après la formation ?

Retour à l'emploi des anciens stagiaires

CORRECT

Conseils
Les questions à poser avant de choisir un centre de formation
  • Quels sont les profils des anciens stagiaires (niveau de formation, expérience professionnelle) ?
  • Est-il possible de visiter le centre ?
  • Quel type de public accueillez-vous en formation (salariés, demandeurs d’emploi, particuliers) ?
  • Peut-on obtenir une liste de ces anciens stagiaires pour les interroger sur cette formation ?
  • Comment aidez-vous les stagiaires à trouver un emploi ?

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Lieu de formation

Institut de génétique moléculaire de Montpellier
1919 Route de Mende
Montpellier

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Centre de formation

Avenue de la Terrasse
91190, Gif-sur-Yvette

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